W 1887 roku ukazała się słynna broszura Miłkowskiego „Rzecz o obronie czynnej i skarbie narodowym”, którą - jak w „Rodowodach niepokornych” pisał Bohdan Cywiński - stała się „hasłem do odrodzenia polskiego patriotyzmu i nowej ideologii irredentystycznej”. Jednym z jej postulatów było powołanie Skarbu Narodowego, gromadzącego fundusze na cele narodowe.

W swych kolejnych powieściach podejmował tematykę z życia szlachty podolskiej, np. „Historia o prapraprawnuku i praprapradziadku”, „Pamiętniki starającego się”, „Niezaradni”, współczesną, ludową i historyczną, np. „Emancypowana”, „Ci i tamci”, „Za króla Olbrachta”.

W powieściach jego można zwrócić uwagę na zainteresowanie obyczajem i kulturą chłopską, zwłaszcza z terenu Ukrainy, którą dokumentował etnograficznie, ale też nie ukrywał swojego pozytywnego do niej stosunku. Doceniał zarówno jej walory estetyczne, jak i etyczne. Ukazywał konflikty między szlachtą a chłopstwem, w których obciążał winą raczej szlachtę. Wskazywał jednak na możliwość ułożenia dobrych stosunków między ziemiaństwem a poddanymi. Jego zdaniem równowaga społeczna powinna być oparta na korzystnym dla dworu i wsi poddziale pracy oraz wzajemnych korzyściach i szacunku.